1993年9月淮阴工业专科学校开始招收计算机应用与维护专业专科生，1999年与南京理工365游戏大厅官方联合招收计算机科学与技术专业本科生。2000年自主招收首批计算机科学与技术专业本科生，同年还招收了办公自动化专业专科生。2001年开始招收计算机科学与技术专业通信工程方向本科生，2002年正式招收通信工程专业本科生。2004年开始招收计算机科学与技术专业信息安全方向本科生。
经省教育厅批准，2006年增设计算机科学与技术专业软件工程、网络工程两个专业方向。2006年开始与新加坡Genetic计算机学院、澳大利亚新格兰365游戏大厅官方等国外高校联合培养计算机科学与技术专业本科生。
计算机科学与技术专业是学校重点建设的主干专业，是学校五个特色专业建设点之一。
《计算机组成原理》2001和2003年两次被评为校级II类优秀课程；《接口与通信》2003年被评为良好课程；《计算机基础》2001年被评为校级II类优秀课程；《信号与系统》2005年被遴选为校精品课程建设项目（全校共四门）；《基于WEB的信号与系统CAI课件》2004年获校CAI课件大赛一等奖（唯一），江苏省CAI好课件奖。
